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Marlin ist ein alleine erziehender Fisch. Er hat nicht nur seine Frau, sondern auch 399 befruchtete Eier verloren, und behütet daher seinen einzigen Sohn Nemo besonders ängstlich, Dieser rebelliert dagegen – und wird gleich an seinem ersten Schultag von einem Taucher gefangen, als er das schützende Korallenriff verlässt. Marlin macht sich auf die Suche nach seinem Sohn, der im Aquarium eines australischen Zahnarztes gelandeten ist. Auf dem Weg nach Sydney befreundet sich dabei mit der Doktorfischdame Dorie und besteht mit ihr zahlreiche Abenteuer.